для государственных и бюджетных учреждений — в Федеральном казначействе (ФК).
для частных клиник и ИП — в Налоговой службе (ФНС) и в Аккредитованном удостоверяющем центре.
Только если руководитель делегирует право подписи от медицинской организации другому сотруднику, для этого сотрудника становится обязательным оформление МЧД.
Кто оформляет: руководитель организации (через личный кабинет на Госуслугах, ФНС или свою систему ЭДО).